Liderada por Pein, depois revela-se que o criadores da organização foram Madara Uchiha e o próprio Pein, a Akatsuki é formada por Missing-ins com classificação S, shinobis poderosos e perigosos que abandonaram suas vilas natais, ou que foram expulsos. Essa organização tem por meta a coleta de todos os Bijuus, criaturas compostas unicamentes de Chakra. Inicialmente o número de componentes era de dez ninjas, porém seu número de integrantes acabou por ser reduzido com a fuga de Orochimaru da organização, e também pelas mortes de Pein, Hidan, Kakuzu, Deidara, Uchiha Itachi e Akasuna no Sasori, sendo este último substituído por Tobi, e pela saída de Konan da organização devido à morte de Pein. Cada membro da Akatsuki possui um Hitaiate (? Bandana?) de seu vilarejo de origem com um risco transversal feito para simbolizar a deserção e o ódio por sua vila natal, um anel identificando suas posições na organização, um chapéu de palha e uma roupa negra decorada com nuvens vermelhas. Cada anel possui um símbolo diferente: 臨, 兵, 闘, 者, 皆, 陳, 裂, 在, 前 .
Quando os integrantes saem à campo, trabalham em duplas, geralmente coletando informações e novos Jutsus, mas seu objetivo primário é a captura dos Bijuus e hospedeiros, os ditos Jinchuurikis. O Bijuu possui tanto chakra e poder que o processo de extração é fatal para seu hospedeiro: os integrantes da Akatsuki se reúnem, seja por meio de projeção astral, feita pelo Jutsu Gentoshin no Jutsu, ou pela presença real no local; posicionam-se e executam uma técnica surpreendente, o Genryuu Kyuu Fuujin; com essa técnica o chakra do Bijuu é extraído de seu Jinchuuriki e armazenado para uso posterior da organização.
O anel dos integrantes da Akatsuki, um dos símbolos da organização, não pode ser retirado da mão enquanto o portador estiver vivo. Os anéis já existiam antes da organização, e são parte dos requisitos para se tornar um membro. Além de ter que possuir a jóia, o aspirante também deve ser notavelmente forte e habilidoso. O décimo (10º) membro ainda não foi substituído oficialmente, visto que o anel de Orochimaru não está sob a guarda da Akatsuki.
Atualmente a Akatsuki se fundiu com a Equipe Taka (Falcão), para que assim consigam realizar suas metas, que em muito se cruzam. Para selar o acordo de parceria, Madara Uchiha/Tobi designou a missão de capturar o Jinchuuriki do Hachibi a Hoshigaki Kisame, já que Uchiha Sasuke e seu time não conseguiram capturá-lo
Fundação
Uchiha Madara sempre foi um prodígio em seu clã, o Clã Uchiha. Ainda durante sua infância despertou a Kekkei Genkai de seu clã, o Sharingan, e treinando arduamente com seu irmão, Izuna Uchiha. E após esse árduo treinamento ambos despertaram uma nova forma de sua Linhagem Sangüínea Avançada, o Mangekyou Sharingan, e com esse novo poder, Uchiha Madara se tornou o líder do Clã Uchiha. Como líder levou seu clã a ser um dos mais poderosos de todos, mas havia um clã que era o único que poderia rivalizar com o Clã Uchiha, o Clã Senju.
Uchiha Madara lutou diversas vezes contra Senju Hashirama, o líder do Clã Senju, mas a luta entre os dois clãs era muito equilibrada, Madara Uchiha ficou desesperado por ter adquirido a cegueira total após usar muito o Mangekyou Sharingan por isso ele se utilizou de um recurso desesperador para acabar com sua cegueira, seu irmão, Uchiha Izuna, doa os olhos dele pra Madara(porém, Itachi acha que Madara arrancou os olhos do irmão a força e ficou com seu Mangekyou Sharingan), assim Madara se tornou o único portador de um novo poder, o Fuumetsu Mangekyou Sharingan. Mas antes que ele pudesse lutar contra Senju Hashirama, seu Clã assinou um tratado de paz com o Clã Senju, e desse acordo e da junção dos dois clãs surgiu um povoado que posteriormente seria chamado de Konoha. Com essa nova organização criada, era necessário que houvesse um líder, e assim todos escolheram Senju Hashirama para ser o primeiro Hokage, o Shodaime Hokage.
Pensando que Senju Hashirama iria destruir o Clã Uchiha, Uchiha Madara se opôs a todos e exilou-se da vila para retornar e acabar com Hashirama. Em seu retorno ele estava controlando o Bijuu de nove caudas, a Kyuubi no Youko. Mas novamente ele fora derrotado por Senju Hashirama que tinha um controle mais poderoso que o Uchiha, por causa sua kekkei genkai. Madara foi dado como morto, porém estava vivo e em seu exílio. Madara realizou dois feitos de grande importância: se tornou Mizukage da Aldeia da Névoa, e fundou uma organização de criminosos chamada Akatsuki junto com Pein, como revelado no mangá 436.
Uchiha Madara possui um poder misterioso, tendo em vista que sua longevidade não é normal, tendo vivido muitos anos, pode ainda controlar o mais poderoso dos Bijuus, a Kyuubi no Youko, e também é detentor de um Jutsu de espaço-tempo incrível, e é o único detentor do Fuumetsu Mangekyou Sharingan, cujas habilidades são desconhecidas. Porém segundo seu discípulo, Uchiha Itachi, Madara não possui mais o mesmo poder que detinha quando era mais jovem.
[editar] Ações e Objetivos
Após ser fundada por Madara e liderada por Pein, a organização passou a reunir ninjas com habilidades únicas e muito poderosas. Inicialmente seu objetivo era o de coletar dinheiro para a organização poder se manter, onde quem administrava o dinheiro era um dos dez membros, Kakuzu. A segunda meta era a de criar uma maneira de conseguir capturar os Bijuus, com isso veio a criação de um dos mais poderosos Fuuinjutsus, o Genryuu Kyuu Fuujin. Suas metas também incluem adquirir contatos e aliados em diversas vilas, ou seja, espiões da Akatsuki. Porém sua meta pricipal é a de coletar todos os nove Jinchuurikis e extrair seus respectivos Bijuus. Segundo Pein, com o poder dos nove Bijuus a organização criaria uma arma de imenso poder para assim mergulhar as vilas no caos e na dor, mas seus objetivos verdadeiros ainda são um mistério. Itachi Uchiha e Jiraiya possuem uma teoria em comum, a de que Madara Uchiha foi o responsável pelo ataque da Kyuubi no Youko, onde a mesma acabou sendo selada em Naruto Uzumaki; porém Tobi (que diz ser Uchiha Madara) afirma que tal acusação é falsa, mas no mangá 440, o Yondaime Hokage revelou para seu filho, Naruto, que foi Tobi o responsável do ataque da Kyuubi, mostrando que de fato, Tobi mentiu e que ele está usando a Akatsuki para algo maior que está planejando.
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